故事发生在江户时代。神秘的新兴宗教“白莲教”暗中煽动百姓，策划推翻德川幕府。为了调查这股势力，狐之一族首领石动律花（山本千寻 饰）展开秘密行动。调查过程中，她遇到了奉将军之命执行任务的风魔忍者·阿乔（宫原华音 饰）。虽然两人来自不同阵营，但很快发现她们拥有共同的敌人——伊贺忍者在传奇忍者服部半藏（凯因·科斯基 饰）的率领下，怀着对德川家的深仇大恨，企图复兴伊贺势力并向幕府复仇。而这一切背后，还隐藏着一段令人悲伤的往事，成为整个阴谋的真正起点。